Il complesso della Confraternita di San Sebastiano sorge sul sito di una precedente cappella dedicata a san Giacomo con annesso ospedale, documentati già nel XIII secolo. Costruita a fine Quattrocento e dedicata a San Sebastiano, risultava già cadente un secolo più tardi e veniva interamente ricostruita in forme moderne a partire dal 1595: è possibile trovare memoria di questa fase nella zona del presbiterio che è stata solo marginalmente toccata dai rimaneggiamenti successivi; considerando che le chiese cuneesi sono state tutte completamente rifatte in epoca barocca, si tratta dell’unico esempio di architettura di questo periodo mantenutosi in città. Progettisti e capimastri furono il capitano Tommaso Fontana (che troviamo impegnato anche nei lavori alla torre civica) e Giovanni Battista Scala, entrambi abitanti in Cuneo ma di provenienza luganese. Negli anni venti del Seicento, prima della devastante pestilenza che molto impegnò i membri della confraternita, si pensò alla decorazione. Venne chiamato il pittore saviglianese Giovanni Antonio Molineri, massimo esponente della lezione caravaggesca in quest’area: a lui si devono la splendida pala dell’altar maggiore, raffigurante il Cristo crocifisso tra i santi Giacomo e Sebastiano e due confratelli (1626) e gli affreschi con gli Evangelisti nei pennacchi del coro (1628). Più tardi, nel 1743, la volta del presbiterio sarà decorata dalla Gloria di San Sebastiano per opera del pittore cuneese Alessandro Trono, in collaborazione con Pietro Antonio Pozzi. Nel corso dell’Ottocento la navata fu completamente rifatta in forme neoclassiche, dotata di due grandi cappelle laterali che vennero a riempire lo spazio precedentemente occupato da abitazioni popolari; fu poi la volta della facciata e dell’aguzzo campanile, eretto in forme neomedievali su disegno dell’ingegner Carlo Ponzo nel 1897.